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L'isola di Marettimo, con l'abitato al cento della costa est, è la più distante delle Isole Egadi (20 miglia da Trapani). L'isola, distaccatasi dalla terra siciliana circa 600.000 anni fa, si presenta come una lunga distesa montuosa lussureggiante. In alcuni tratti la costa scende a strapiombo sul mare, in un alternarsi di imponenti fenomeni carsici e grotte marine. Le coste rocciose alte e frastagliate, in molti casi, continuano sott'acqua in ripide pareti con una rapida successione delle batimetrie.
Tra le Isole Egadi, Marettimo è sicuramente quella che maggiormente risente della corrente atlantica in entrata e presenta fondali caratterizzati da popolamenti vegetali e animali molto vari, di elevato interesse scientifico per la loro struttura e per la loro dinamica.
Il fondale intorno all'isola di Marettimo è prevalentemente roccioso, più o meno accidentato, con una divisione in piani non facilmente definibili.
La platea intorno all'isola sprofonda immediatamente ed in alcuni tratti la batimetria dei 50 m è ristretta a non più di 100 m di distanza dalla costa.
Il piano infralitorale, caratterizzato da una fitta vegetazione, subisce restringimenti ed estensioni spesso notevoli, in funzione soprattutto dell'illuminazione, delle correnti e dell'esposizione all'azione delle onde.
In questo piano la predominanza della Posidonia è interrotta ed alternata, soprattutto nei tratti rocciosi poco inclinati, da cinture di Cystoseira sp.
In tutta l'isola le formazioni rocciose ricoperte da popolamenti sciafili o fotofili si alternano a praterie di Posidonia su fondali misti che in alcuni tratti, vista la trasparenza delle acque, superano la profondità di 40 m.
Intorno all'isola di Marettimo, il coralligeno è presente a partire da circa 40 m di profondità e risulta costituito, come lungo tutte le coste del Mediterraneo, da Litofilli sui quali si sviluppano animali concrezionanti a scheletro calcareo, quali i Briozoi, Anellidi, i Mmadreporari. Molto spesso, alla stessa profondità si trovano organismi molto diversi che indicano quanto sia labile il concetto di riferire la presenza di una o più specie solo al parametro profondità. (da pag.35 a pag.41)
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Nella zona B di Punta Mugnone, a Marettimo, visto il notevole interesse naturalistico, sono stati individuati due percorsi.
Il primo è stato localizzato nel tratto di mare antistante Punta Mugnone, che rappresenta l'estremo vertice nord-ovest di Marettimo e divide la zona B di riserva a nord dell'isola dalla zona A di riserva integrale posta a ponente.
Nel tratto di mare tra Punta Mugnone e Cala Bianca è presente, fino a 500 m dalla costa, una secca con fondali minimi di 3m . Su tutta la secca la corrente è spesso molto forte e l'immersione è consigliata ai subacquei esperti.
Partendo da terra, lungo il lato nord di Punta Mugnone, si trova un fondale fra i 20 e i 40m circa, mentre sotto le pareti del lato di ponente la profondità raramente supera i 25m ed è possibile effettuare un'immersione abbastanza facile per i subacquei meno esperti, ma comunque interessante per la ricchezza di pesce, la varietà del paesaggio ed il notevole numero di tane ed anfratti. Prima dell'immersione è comunque consigliabile verificare la presenza di corrente in direzione ovest, spesso presente anche sotto costa dove raggiunge notevole intensità.
L'immersione ha inizio sotto la costa di ponente, al centro di una conca rocciosa denominata "Tazza" (N 37° 59' 480" - e 12° 01' 578"), si raggiunge quindi il fondo, ad una profondità di 15m, su un fondale di massi e sabbia, che presenta a est/sud-est un'altra parete rocciosa, continuazione della costa scoscesa vicino alla quale è possibile vedere saraghi fasciati (D. annularis) e tanute (Spondyliosoma cantharus). Fermandosi sul fondo e guardando in direzione del mare aperto, si possono, invece, osservare banchi di salpe, Sarpa salpa ed orate (Sparus aurata).
Le pareti scoscese presentano una vegetazione piuttosto rada, dove le specie più rappresentata è U. petiolata associata a Cystoseira sp. .
Cominciando a nuotare in direzione sud-ovest, mantenendo la ripida parete a sinistra, dopo 15 m si raggiunge un grosso masso isolato posto alla profondità di 22m, che ospita, sul lato esposto in direzione est, una fitta colonia di piccole gorgonie gialle (E. cavolinii). In prossimità del masso, verso ponente, parte un canalone che presenta sul fondo ciottoli e massi ricoperti da P. oceanica e che degrada rapidamente verso profondità maggiori.
Dal masso l'immersione continua seguendo, per 30 m in direzione sud-ovest, l'andamento della parete, dove si trovano parecchie tane, fessure e piccole grotte, dove è spesso presente il falso corallo, M. truncata. Qui è buona la possibilità di vedere pesce da tana, quali cernie e i saraghi.
Nuotando ancora lungo la parete, ma in direzione sud per 20 m, si scende su un fondale di 25m e si raggiunge una piccola grotta dove si possono osservare A. calycularis e spugne policrome (Cacospongia sp., S. cunctatrix).
Pochi metri più avanti, la parete a levante, alta una dozzina di metri, si presenta molto scoscesa ed è ricoperta anche da P. oceanica. La prateria continua anche sul fondo, verso sud, ma in alcuni tratti si fa più rada. Tutta la zona è ricca di anfratti di dimensioni variabili che fanno da tana a diverse specie di pesci tra i quali le corvine, S. umbra.
Incominciando a risalire gradatamente, si pinneggia verso ovest per 15 m e poi verso est/nord-est per 40 m, per fare ritorno al punto d'inizio dell'immersione. (da pag.61 a pag.64)